A cidade de São João Marcos foi fundada em 1739, a reboque da primeira estrada de rodagem do Brasil, a Estrada Imperial, que a cortava. Incorporada ao município de Rio Claro, em 1938, São João Marcos, na data de seu bicentenário, tornou-se a primeira cidade do Brasil tombada pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan). Em 1940, porém, decreto do presidente Getúlio Vargas cancelou o tombamento da cidade para acelerar as obras de ampliação da Usina Hidrelétrica de Ribeirão das Lages.
A cidade foi desocupada e destruída primeiro por dinamite e depois pelas águas da represa, em 1949. As construções foram demolidas antes de a água invadir, para evitar possíveis retornos. O patrimônio foi sacrificado, mas ainda podem ser vistas partes dos muros de contenção da Estrada Imperial e pontes em arco. Restos da Igreja Matriz de São João Marcos, à época frequentada pelos mais ricos da cidade, da Igreja de Nossa Senhora do Rosário e de São Benedito, reservada aos pobres e negros e com um cemitério nos fundos, também são bastante visíveis.
Todas as ruínas do Sítio Arqueológico São João Marcos e a Ponte Bela na Estrada Imperial foram tombadas pelo Instituto Estadual do Patrimônio Cultural (Inepac), em 1990.
O moderno centro de memória, instalado em 2011, conta com boa infraestrutura para o visitante e uma exposição que revela a história da região.
  Visitação : O horário de funcionamento é de quarta a sexta, das 10h às 16h, e sábados e domingos, das 9h às 17h. .
  Como Chegar : 
  De Carro : Está localizado na rodovia RJ-149 (Rio Claro- Mangaratiba/Estrada Imperial), km 20.